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Denisio

Microbiome dans les aquariums marins

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Une étude intéressante sur la quantification et la répartition des bactéries présentes dans nos aquariums marins, avec un tableau des espèces identifiées.

The Core Microbiome of a Saltwater Aquarium

Pour résumer :

  • l'eau circulant dans un aquarium marin typique contient des centaines de différents types de bactéries. en moyenne 400 espèces par aquarium.
  • La richesse de la flore bactérienne varie énormément, dans un rapport 1 à 7 selon l'aquarium. Cependant, l'essentiel de la population est représenté par une vingtaine d'espèces.
  • Un petit nombre d'Archea inclue des espèces jouant des rôles importants dans le traitement des éléments nutritifs
  • Certaines bactéries identifiées sont bénéfiques, d'autres franchement pathogènes, d'autres consomment les sucres, des AA..
  • Il y a systématiquement présence de souche de cyanobactéries.
  • Les capacités métaboliques et les besoins nutritionnels des espèces sont variés. Clairement, selon les espèces en place l'impact sur les éléments nutritifs dissous sera différent. Certaines seraient prédisposées pour la lutte contre les algues, d'autres plutôt présentes dans les sédiments. 
  • Parmi les bactéries identifiées pathogènes pour les poissons et les coraux, très peu ont été détectées dans les aquariums sains, voire pas du tout.
Enfin, un premier aperçu des communautés microbiennes des aquariums marins. Peut-être avancerons-nous dans la connaissance de leurs effets  en aquarium.
 
A suivre… :)

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Une autre étude tout aussi intéressante parue dans Nature Communications :

Coral bacterial community structure responds to environmental change in a host-specific manner

Elle s'est intéressée à la population bactérienne hébergée par les coraux (microbiote) utile pour des fonctions biologiques variée (fixation de l'azote, cycle de soufre, protection contre des bactéries pathogènes…) :

  • la communauté bactérienne diffère selon les espèces coralliennes,
  • Pour une même espèce elle diffère selon l'environnement.
  • La diversité microbienne augmente avec la profondeur.
  • Le spectre du microbiote de certaines espèces évolue selon les fluctuations saisonnières alors que chez d'autres il reste assez stable.
  • La diversité bactérienne est plus importante chez les individus malades.
  • L'évolution de la communauté microbienne est un mécanisme assez rapide et flexible, dans un sens comme dans l'autre.
  • L'adaptation du microbiote varie selon espèce face au même type de stress.
  • Quand la situation redevient normale, l'individu est en mesure de reconstituer une population normalement équilibrée.

Cette disparité peut expliquer la plasticité (aptitude à s'adapter à de nouvelles conditions) et la meilleure résistance de certaines espèces aux agressions environnementales (pollutions, stress…) et aux maladies. Cette situation  se reproduit probablement en aquarium. Elle permet d’admettre que chaque colonie est différente, que les réactions des individus sont variées face à une même situation ("mon corail va mal alors que tous les autres sont en forme"), plus encore quand la situation évolue (transplantation, paramètres différents…). Cela peut expliquer aussi pourquoi la croissance peine à démarrer, le temps que le corail et la faune, et plus globalement tout le vivant qui l'accompagne (holobionte) retrouve une situation stable.

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Il y a quelques années, un biologiste m'avait expliqué que les mers en tous points contenaient probablement les mêmes souches bactériennes. Ces articles ne le contredisent pas globalement mais démontrent clairement qu'il y a une grande disparité dans ces populations au niveau local (biotope) et dans le temps (évènements). Et encore, il n'est question ici que des bactéries prélevées dans l'eau. Le substrat est peut être plus varié.

Ces recherches me laissent penser que l'aquariophilie marine en profitera bientôt et pourra mieux agir sur la maintenance en proposant de manière ciblées les souches manquantes (à l'instar des tests chimiques ICP) et en expliquant des nécroses autrement que par RTN ou STN :D 

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