Bactéries, des questions

[tobos]

Bonjour à tous,

Voila mon bac démarre et quelque question me passa par la tête.

-Peut-on déterminer la quantité de bactérie présente dans le bac?

 

-Combien pourrait coûter un microscope capable de voir des bactérie.

 

-Ensuite, serait-il possible de dissocier les différents type de bactérie selon leur espèces ? (à notre niveau)

 

-Et si oui serait-il possible de connaitre leur actions au seins du bac. C'est à dire, plutôt consommatrice d'une substance plutôt qu'une autre, donc plutôt efficace sur les No3 ou les No2 etc ?

 

Ne vous inquiétez pas ce n'est que moi Pour poser des question comme ça....

[llecaroz]

Une numeration ? , voire meme nfs ou iono ?

Docteur Green ?

 

Non plus serieusement.... je suis persuade qu'un biologiste sera en mesure de te repondre ici.

 

Perso je trouve ton sujet foet pertinent et interessant... questions complemenraires de ma part (je tappe l'incruste)

 

Y'a-t-il la possibilité pour nous de faire en effet des numerations des bacteries et de les identifier soit via des solutions de marquage ou des solutions permettant de les identifier en creant un envvironnement de propogation in vitro ?

 

Par exemple faire une numeration des bacteries d'un rab ?

Evidemment comme le suggere tobos, avec du matos accessible ?

 

[thomas4009]

 

Bonjour,

 

Avec du petit matériel cela ne servira pas à grand chose...

 

Microscope optique avec un Gx400 à x1000 permettra déjà de les discerner, une coloration de Gram est encore accessible point de vue finance.

 

Une lame en verre quadrillée permet un comptage puis une extrapolation du nombre moyen de bactéries (cellules de Petroff), mais pour finalement déterminer les espèces il faudrait des techniques dépassant le budget d'un amateur : mise en culture des différentes souches, et besoin d'un microbiologiste.

 

Je passe sur les détails, il serait donc possible d'estimer à moindre cout le nombre de bactéries, Gram+/Gram- et pour le reste mieux vaut jeter un petit coup d’œil à l'intéressant article de zebrasomag paru ce mois-ci !

 

Tester un RAB oui, mais pourquoi pas carrément s'attaquer aux solutions biodigest, zeotruc, daphmachin et tous les autres...?

[Florian]

Voila mon bac démarre et quelque question me passa par la tête.

-Peut-on déterminer la quantité de bactérie présente dans le bac?

Oui mais uniquement les bactéries présentes dans la colonne d'eau. Toutes celles présentent sur les supports échappent au comptage.

 

-Combien pourrait coûter un microscope capable de voir des bactérie.

Beaucoup trop cher. Et puis ce n'est pas le meilleur outil, même s'il a la résolution suffisante.

 

-Ensuite, serait-il possible de dissocier les différents type de bactérie selon leur espèces ? (à notre niveau)

A notre niveau non. Il faudrait un laboratoire de recherche bien équipé et financé pour faire cela.

 

Une petite étude sur le comptage des bactéries en aquarium et sur l'effet de l'écumage, du charbon actif et des ajouts d'ethanol sur les bactéries: http://www.advancedaquarist.com/2011/3/aafeature

 

 

 

[tobos]

Ok, ok.

Donc pour la curiosité c'est possible mais pour ce qui est de faire des recherches d'identification je me rend compte que c'est une autre histoire.

Je vous remercie de vos réponse, j'ai trouvé les réponses à mes question . Pas si farfelue que ça apparemment

 

Au fait mon interrogation première était de savoir si on peut déterminer l'activité bactérienne dans le bac, voir si l'on peut contrôler cette population si importante dans un DSB. Si on ne connait pas l'origine des bactérie on ne peut vraiment contrôler cette activité du coup.

 

Libre à vous de développer le sujet

[Florian]

Au fait mon interrogation première était de savoir si on peut déterminer l'activité bactérienne dans le bac, voir si l'on peut contrôler cette population si importante dans un DSB. Si on ne connait pas l'origine des bactérie on ne peut vraiment contrôler cette activité du coup.

Conclusion parfaite. Reste la méthode empirique et l'observation.

 

[tobos]

Mouai, mais je peux pas trop savoir ce qu'il ce passe en profondeur du sable.

Car je l'ai pas précisé mais je commence un 140L DSB.

[Denisio]

Question personnel (très théorique)

C'est vrai, cette question est bien trop personnelle tobos. Je ne peux m'immiscer dans ton débat. Désolé

[nelsss]

coucou

 

Florian a très bien répondu

 

:timide: sinon pour faire des analyse achet toi un malditof :mdr5: :mdr5: :mdr5:

[tobos]

Mouai c'est une solution, si seulement le père noel existait vraiment....

Oui je confirme j'ai eu de bonne réponse

 

Si non par curiosité je vous retransmet une réponse bien complète sur un autre forum.

alors pour l'identification des bactérie, d'après ce que j'ai vu en cours de microbiologie de DUT de bio. Grosso modo tu trouvera les gram + (les Firmicutes) et les gram - (les Gracilicutes).

Pour faire simple les gram + ont une paroi beaucoup plus épaisse que les gram -. Ce qui fait que lorsque l'on fait une coloration de bactérie selon un protocole précis, les gram - seront beaucoup plus clair.

Ensuite tu va avoir 2 types principaux de morphologie, les coques (rond) et les bacilles (ovoïdes). Ils pourront etre soit seul, soit en amas, soit à la queue leu leu (par 2,3,4,ect).

D'autre critère de classification vont etre la tolérance à l'O2, les réactions à certaine protéine, l'utilisation du glucose, donc les différentes voie métaboliques utilisées. Mais pour faire ces identification il faut des milieux bien spécifique avec différent composants, donc pour toi c'est pas ça qui va être utile. Ceci permet aussi de voir quelle est leur utilisation dans l'écosystème.

Je pense que l'on peut se concentrer juste sur la morphologie, donc il va y avoir les critères dit plus haut. Mais aussi tu pourra voir la mobilité si tu fait des lamelles avec les bactéries vivantes dedans. Si ton microscope est puissant, voir aussi les flagelles, s'il y en a un, plusieurs et leur localisation ou contraire absence.

Par exemple en aquarium on utilise beaucoup Pseudomonas nitrosomas ou des Nitrobacter comme bactérie utilisant des composées azotés. Ces bactéries sont des bacilles, et pour pseudomonas, extrêmement mobile. ça part vraiment dans tout les sens

 

Ensuite lors des prélèvement il faut travailler dans un milieu le plus stérile possible, généralement dans une hotte, ou plus accésible le bec benzen. Pour les pipettes utilisées ça sera des pipettes pasteurs. Mais bon je pense pas qu'une contamination te gène pour ce que tu veux faire.

 

Après pour le dénombrement on fait généralement ça par spectrophotométrie. On passe une solution bactérienne dans un spectrophotomètre, on mesure la DO (absorbance) puis on en déduit la concentration (concentration = absorbance/longueur d'onde lumineuse). Puis on a juste à extrapoler au volume du bac.

 

 

Mais je pense qu'il sera dur de faire une identification jusqu'à l'espèce avec tes moyens...

 

Ps: ah et j'ai oublié, tu as un 3ème embrechement des bactéries, qui sont les cyanobactérie. On les apparentes à des algues, voir même c'est des algues.

 

Tous ce dont je t'ai parlé sont des Eubactéries, dans les bactérie tu trouvera aussi les archées mais je pourrai pas t'en dire plus sur celles-ci, je connais pas, je crois qu'on les mat meme plus dans les bactérie mais que c'est un groupe a part maintenant...

 

Mais au niveau des microorganismes tu risque de trouver des procaryotes (les bactéries/virus) mais aussi des eucaryote comme les protozoaires =)

Voila

[tobos]

Cella ne vous dérange pas si je retransmete aussi vos message sur une autre forum ? Pour les droit d'auteur :mdr4:

[nelsss]

Cella ne vous dérange pas si je retransmete aussi vos message sur une autre forum ? Pour les droit d'auteur :mdr4:

:mdr5: :mdr5: :mdr5: avec google en 30sc tu trouve mille fois mieux comme info :timide: ploufffffffffff

[Trevaly]

Dis donc nelsss on peu pas dire que tes réponses ai été particulièrement plus constructive et plus complète .

Quant au malditof il y a quant même bien mieux pour de identification d'espèces, un petit illumina par exemple le Hiseq 2500 pour ne cité que lui. , mais bon sans aucune explication on conviendra que les termes malditof et illumina Hiseq2500 ça ne va pas parler à grand monde ici, il serait donc de bon ton de donner un plus d'explication à l'avenir

[poissonexotique]

pour ca faudrais qu'il passe le clavier a sa copine,qui doit mieux ecrire que lui aussi ...

[tobos]

Dis donc nelsss on peu pas dire que tes réponses ai été particulièrement plus constructive et plus complète .

+1

 

[tobos]

Après pour le dénombrement on fait généralement ça par spectrophotométrie. On passe une solution bactérienne dans un spectrophotomètre, on mesure la DO (absorbance) puis on en déduit la concentration (concentration = absorbance/longueur d'onde lumineuse). Puis on a juste à extrapoler au volume du bac.

 

C'est un appareil qui compte les bactérie selon un quadrillage ?

Ca coûte combien ça encore ?

 

Non pas du tout. Tu mets en solution tes bactéries que tu va mettre dans une cuve de 1 mL. Tu mets ta cuve dans le spectro et on fait passer une lumière à une longueur d'onde donnée. La solution va absorber une partie du rayon et le spectro te calcules la différence d’intensité entre le rayon entrant et le rayon sortant. De là il en déduit l'absorbance.

Sinon ça coute beaucoup trop chère, je serai pas le prix mais il doit y avoir au moins 3 zéros de chiffre

[nelsss]

pour ca faudrais qu'il passe le clavier a sa copine,qui doit mieux ecrire que lui aussi ...

:mdr5: tu devais être le dernier a le savoir

 

 

j ai répondu que google est ton amis :timide: désoler de faire simple mais si tu chercher un peut il y a des beaux sujet :mdr4: je suis vraiment un bon a rien

 

 

 

 

 

[Trevaly]

Après pour le dénombrement on fait généralement ça par spectrophotométrie. On passe une solution bactérienne dans un spectrophotomètre, on mesure la DO (absorbance) puis on en déduit la concentration (concentration = absorbance/longueur d'onde lumineuse). Puis on a juste à extrapoler au volume du bac.

 

C'est un appareil qui compte les bactérie selon un quadrillage ?

Ca coûte combien ça encore ?

 

Non pas du tout. Tu mets en solution tes bactéries que tu va mettre dans une cuve de 1 mL. Tu mets ta cuve dans le spectro et on fait passer une lumière à une longueur d'onde donnée. La solution va absorber une partie du rayon et le spectro te calcules la différence d’intensité entre le rayon entrant et le rayon sortant. De là il en déduit l'absorbance.

Sinon ça coute beaucoup trop chère, je serai pas le prix mais il doit y avoir au moins 3 zéros de chiffre

non ce n'est pas un appareil qui compte selon un quadrillage mais qui va mesurer la turbidité de l'eau ou du milieu de culture.

Plus l'eau est chargé en bactérie moins elle laissera passer de lumière, et donc comparé à un témoins sans bactérie tu peux en déduire la concentration bactérienne. Seul bémol, il faudrait pour nous de l'eau du bac sans bactérie afin d'avoir un vrai témoin, malheureusement c'est beaucoup plus difficile que cela n'y parait d'avoir ce genre de témoins car on ne peu pas enlever que les bactérie. C'est une technique classiquement utilisé pour quantifier une croissance bactérienne en milieu de culture.

 

Les cellules dont tu parles peuvent être utilisable mais il très difficile de voir toutes les bactéries sur une cellule de comptage, ici encore tu obtiendrais un résultats plus qu'approximatif. Le mieux serais alors de les marquer avec un fluorochrome mais ça demande mise au point produit toxique et microscope à fluorescence. Le must restant les appareil qui vont trier les cellules selon la diffraction de la lumière quelles induises, ce sont des cytomètre a flux, mais la aussi c'est du domaine du rêve.

Si on veux rêver jusqu'au bout on peu coupler identification et dénombrement grâce à la métagénomique et les séquenceur nouvelle génération type illumina mais la c'est un coup estimé pour un labo à environ 5000€ pour une analyse, acheter l'appareil relève du rêve même pour un labo

 

Ce que conseil nelsss, Le malditof est un type de spectromètre de masse, à ma connaissance il n'y a pas d'application en écologie microbienne dans les problématiques qui nous concerne pour ce genre d'appareil

[tobos]

oki, oki,

Merci à vous.

[Trevaly]

 

Ce que conseil nelsss, Le malditof est un type de spectromètre de masse, à ma connaissance il n'y a pas d'application en écologie microbienne dans les problématiques qui nous concerne pour ce genre d'appareil

je me suis tromper alors

:timide: j avais cru comprendre tout depender de la basse de donner qui et relier au malditof :timide:

 

mais bon on a déjà testé les souche bacnet et d autre avec le malditof ..et autre machine ...je pourrais publier les résulta vu que ce moi qui a réaliser.......je dis pas que les résultat sont valable.....

je développe des bactéries que je teste actuellement

 

mais vu mon niveau de français et nulllllllllll je vous laisse tranquille

 

bonne continuation

 

(mon dernier message ici )

C'est un peu facile de partir comme ça, et puis tu n'as nullement été attaqué sur ce post ou ailleur. J'ai dis qu'a ma connaissance le spectro de masse n'avais pas d'application en écologie microbienne mais je suis loin de tout savoir et heureusement. Peut être que la masse de certaine protéine ou peptide issue de fragmentation ou élément chimique permet d'aller jusqu'à l'identification ou la quantification de bactéries.

La seul chose que je peu te reprocher ces de donner des piste agichante maispour l'instant de ne pas les développer. Pour exemple le maldi tof ou encore "mais bon on a déjà testé les souche bacnet" ce serait vraiment du partage si tu nous donnais plus d'infos, un os a ronger que diable

[nelsss]

Ce que conseil nelsss, Le malditof est un type de spectromètre de masse, à ma connaissance il n'y a pas d'application en écologie microbienne dans les problématiques qui nous concerne pour ce genre d'appareil

je me suis tromper alors

:timide: j avais cru comprendre tout depender de la basse de donner qui et relier au malditof :timide:

 

mais bon on a déjà testé les souche bacnet et d autre avec le malditof ..et autre machine ...je pourrais publier les résulta .......je dis pas que les résultat sont valable.....

actuellement je développe des bactéries mais bon

 

vu mon niveau de français et nulllllllllll je vous laisse tranquille

 

bonne continuation

 

(mon dernier message ici )

[gael85]

 

Ce que conseil nelsss, Le malditof est un type de spectromètre de masse, à ma connaissance il n'y a pas d'application en écologie microbienne dans les problématiques qui nous concerne pour ce genre d'appareil

je me suis tromper alors

:timide: j avais cru comprendre tout depender de la basse de donner qui et relier au malditof :timide:

 

mais bon on a déjà testé les souche bacnet et d autre avec le malditof ..et autre machine ...je pourrais publier les résulta .......je dis pas que les résultat sont valable.....

actuellement je développe des bactéries mais bon

 

vu mon niveau de français et nulllllllllll je vous laisse tranquille

 

bonne continuation

 

(mon dernier message ici )

 

 

ici sur ce post ou sur le forum en général ? :zaime:

 

[Florian]

J'ai dis qu'a ma connaissance le spectro de masse n'avais pas d'application en écologie microbienne mais je suis loin de tout savoir et heureusement. Peut être que la masse de certaine protéine ou peptide issue de fragmentation ou élément chimique permet d'aller jusqu'à l'identification ou la quantification de bactéries.

L'identification des bactéries par spectro de masse est très jeune mais en plein essor (cela se fait directement par profilage des peptides de bas poids moléculaire sans passer par une digestion peptidique). Les bases de données sont en cours de constitution. La technique a même été utilisée en début d'année pour rechercher des souches pathogènes dans l'eau de mer des ballasts des navires (voir PLoS ONE 7(6): e38515). Ca n'est pas quantitatif mais ça peut donner une idée des espèces majeures présentes. Il y a d'autres techniques d'identification des bactéries non cultivables.

 

[Trevaly]

Merci pour les précisions Florian , je ne connaissais pas cette technique et été resté sur la metagenomique (identifications des espèces et quantification de ces dernière grâce à certaines séquences d'ADN spécifique).

[tobos]

Mon sujet ma bien dépasser pour le coup :mdr4:

Merci a tous les intervenant, même a nelsss qui boude :mdr4: